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主办单位:煤炭科学研究总院有限公司、中国煤炭学会学术期刊工作委员会
不同复垦年限下的共发生网络中关键类群是怎样确定的?怎样对关键类群和网络结构进行分析呢?

提问者认为标题已经详细的描述了问题的所有要点,
所以没有再添加更多内容。

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匿名 提出于2022-05-23
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       本研究采用MENA平台(http://ieg4.rccc.ou.edu/mena)构建分子生态网络,具体方法如下:将所得OTUs数据进行lg转换,计算相关矩阵,并基于斯皮尔曼相关系数,转化为相似性矩阵。根据随机矩阵理论,选择最优相似阈值从相似矩阵倒数邻接矩阵,用邻接矩阵编码每对节点之间的连接强度,通过分析相关矩阵特征值的最近邻间距分布预测生态群落。生态网络中OTU作为节点,边表示节点间的连接,当网络内一组OTUs之间的连接较多,且与组外的连接较少时,可将这组OTUs视为一个模块,模块化(modularity)表示网络中所有能被划分为模块的OTUs所占比例,模块化程度越高说明网络冗余越少。Z-P图表达模块中基于拓扑角色的OTUs分布状况,每个点代表数据集中的一个OTU,根据模块内连接度(Zi)和模块间连接度(Pi)散点图确定各OTU的拓扑作用,识别模块枢纽(module hubs),连接节点(connectors)和网络枢纽(network hubs),其中,Zi≥2.5的OTUs被视为模块枢纽,Pi≥0.62的OTUs被视为网络中的连接节点,同时满足这两个条件的被视为网络枢纽。(Z和P值在你把数据上传到平台后,一步步往下走,就会得到带有node_attribute字样的文件)。一般将模块内连接度Zi≥2.5或模块间连接度Pi≥0.62的节点视为关键物种,即网络枢纽、模块枢纽和连接节点可认为是关键物种。这是一种基于分子生态网络的分析方法。(参考文献:Ecological network analysis assesses the restoration success ofdisturbed mine soil in Zoucheng, China, Land Degradation & Development, 2021,32(18):5393-5411)

来源:【煤炭学报大讲堂第16期矿山环境保护】马静:东部高潜水位矿区复垦土壤微生物群落固碳潜力及作用机制研究

发布于 2022-05-23 14:03
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